Laboratoř průtokové cytometrie slouží pro imunofenotypizaci hematologických nádorových onemocnění. V laboratoři se provádí bližší identifikace typu hematologické malignity a následné monitorování zbytkové nemoci po léčbě, hodnocení buněčné imunity zejména u imunokompromitovaných nemocných (např. po transplantaci kostní dřeně či po chemoterapii), stanovení kmenových krvetvorných buněk, hodnocení životnosti a další specializovaná vyšetření.